Sa démission survient après des protestations populaires.
Otto Pérez est accusé par le parquet et une commission de l'ONU contre l'impunité (Cicig) d'avoir dirigé un système de corruption au sein des douanes, grâce auquel des fonctionnaires touchaient des pots-de-vin pour exonérer de taxes certaines importations.
Le dirigeant conservateur, au pouvoir depuis 2012, a pris cette décision afin d'affronter "de manière individuelle la procédure menée à son encontre", a annoncé jeudi son porte-parole dans un communiqué.
C'est théoriquement son vice-président, Alejandro Maldonado, qui doit désormais prendre les rênes du pays, à trois jours seulement du premier tour des élections générales dimanche. M. Pérez n'était pas candidat, la Constitution n'autorisant qu'un seul mandat.
Cette décision survient quelques heures après le lancement d'un mandat d'arrêt par la justice.
"Le mandat d'arrêt à l'encontre du président a été autorisé" par le juge Miguel Angel Galvez, en charge du dossier, avait annoncé aux journalistes Julia Barrera, porte-parole du parquet.
Otto Pérez, un général en retraite de 64 ans, avait été privé mardi de son immunité par un vote à l'unanimité du Parlement, une mesure inédite dans l'histoire du Guatemala et qui a suscité la liesse de la population.
Dès mardi soir, la justice lui avait interdit de sortir du territoire et, mercredi, la Cour constitutionnelle a rejeté ses recours pour suspendre la procédure.
Dans ce dossier, son ancienne vice-présidente Roxana Baldetti, démissionnaire en mai et également poursuivie, est déjà en détention provisoire.
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