Plusieurs militaires ont été blessés au cours de l'attaque, qui a eu lieu à Baroua, à Diffa.
Les djihadistes ont visé une position de l'armée nigérienne dans cette localité de Baroua au sud-est du pays, proche de la frontière avec le Nigeria.
Une zone marécageuse qui fait office de frontière entre les deux pays à travers le lit du lac Tchad.
L'attaque intervient quelques jours après la reddition d'une trentaine de combattants nigériens de Boko Haram.
Ils avaient déposé les armes la semaine dernière à Diffa en présence du ministre nigérien de l'intérieur Bazoum Mohamed.
Le ministre avait parlé alors de Boko Haram comme étant "en déperdition" tout en reconnaissant "l'existence d'éléments nuisibles" du groupe islamiste dans la région du lac Tchad.
Dans son message de vœux à la nation samedi soir, le président nigérien Mahamadou Issoufou a lancé "un appel à tous ceux qui se sont laissés entraîner dans la voie de l'égarement par Boko Haram à se ressaisir et à déposer les armes".