La police a utilisé des gaz lacrymogènes pour disperser une foule d'environ 200 parents qui protestaient devant l'école.
Le Kenya a adopté une loi en 2017 pour fournir gratuitement des serviettes hygiéniques aux écolières.
Toutefois, une commission parlementaire étudie actuellement les raisons pour lesquelles le programme n'a pas encore été mis en œuvre dans toutes les écoles.
La mère de la fillette a déclaré qu'un enseignant l'avait traitée de "sale" pour avoir sali son uniforme et lui a ordonné de quitter la classe à Kabiangek, à l'ouest de la capitale Nairobi, vendredi dernier.
"Elle n'avait rien pour se protéger. Quand le sang a taché ses vêtements, on lui a dit de quitter la salle de classe et de rester à l'extérieur", a déclaré la mère dans les médias kenyans.
Elle a dit que sa fille est rentrée à la maison et a raconté à sa mère ce qui s'était passé, mais quand elle est allée chercher de l'eau, elle s'est suicidée.
Ses parents ont signalé l'affaire à la police, mais ont été frustrés par le manque apparent d'action, a rapporté le Daily Nation.
Avec d'autres parents, la famille endeuillée a organisé une manifestation devant l'école mardi.
La police est intervenue et a procédé à cinq arrestations lorsque les manifestants ont bloqué une route et forcé le portail de l'école, selon des médias locaux.
Depuis, ces échauffourées l'école a été fermée.
Le chef de la police régionale Alex Shikondi a déclaré que les circonstances de la mort de la jeune fille faisaient l'objet d'une enquête.
Le directeur de l'école a refusé de commenter les faits.
Au Kenya, comme dans d'autres pays, beaucoup de filles n'ont pas les moyens d'acheter des produits sanitaires comme des serviettes hygiéniques et des tampons.
Selon un rapport de l'ONU de 2014, une fille sur dix en Afrique subsaharienne a manqué l'école pendant sa période de règle.
Certaines filles perdraient 20% du temps dédié à leur éducation pour cette raison, ce qui les rendrait plus susceptibles d'abandonner complètement l'école, selon des rapports.
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