Les 188 personnes à bord d'un vol ont été les premiers rapatriés sur environ 600 Nigérians qui ont déclaré vouloir rentrer chez eux après une vague de violence anti-immigrés dans les villes de Pretoria et Johannesburg.
Leur départ de l'aéroport international OR Tambo de Johannesburg a été retardé de huit heures.
Selon la mission diplomatique nigériane en Afrique du Sud, certaines personnes ont été refoulées en raison d'une documentation insuffisante pour voyager avec des enfants.
Abike Dabiri-Erewa, le président de la Commission des Nigérians de la diaspora, a déclaré qu'un deuxième vol se rendrait à Johannesburg pour aller chercher ceux qui restent.
La violence a entraîné un refroidissement des relations diplomatiques entre les deux plus grandes économies africaines.
Douze personnes ont été tuées, dont deux ressortissants étrangers, lors des dernières attaques contre des personnes et des entreprises en Afrique du Sud.
Alors que le ministère nigérian des Affaires étrangères a déclaré qu'aucun Nigérian n'avait été tué, de fausses nouvelles en ligne ont suscité l'indignation à la suite des attentats de Johannesburg.
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