Les deux pays s'accusant mutuellement de soutenir les groupes rebelles opposés à leurs gouvernements.
Le président ougandais ne s'était pas rendu au Soudan depuis 2005.
Les entretiens entre M. Museveni et Béchir seront dominés par la guerre civile au Soudan du Sud.
Selon les experts, Kampala a soutenu la lutte pour l'indépendance du Soudan du Sud alors que Khartoum soutenait les rebelles ougandais de l'Armée de résistance du Seigneur (LRA).
L'Ouganda a souvent déclaré que le leader de la LRA, Joseph Kony se cache dans la région de Kafia Kingi, une zone contrôlée par le Soudan, à la frontière avec le Soudan du Sud.
L'année dernière, Khartoum a rappelé son ambassadeur à Kampala accusant l'Ouganda d'abriter des rebelles soudanais.
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