Le bâtiment devait accueillir 130 demandeurs d'asile.
Des partisans de l'extrême droite avaient protesté contre l'arrivée de demandeurs d'asile dans la région.
La chancelière Angela Merkel avait récemment condamné les affrontements entre des manifestants et la police.
Dans la ville d'Heidenau dans l'est du pays, l'ouverture prochaine d'un centre d'accueil de réfugiés avait déchaîné les passions.
Plusieurs personnes dont des policiers avaient été blessées le week-end dernier dans des troubles qui ont émaillé les manifestations.
Angela Merkel a dénoncé le comportement des activistes anti-immigration à Heidenau comme "horrible" et "honteux".
Elle doit visiter la ville ce mercredi.
D'après les correspondants, la plupart des allemands ont bien accueilli les réfugiés, mais une minorité s'est opposée avec ardeur à leur arrivée.
Le pays attend jusqu'à huit cent mille demandeurs d'asile avant la fin 2015.
Le gouvernement a annoncé mardi que le pays prendra directement en charge la majorité des nouvelles demandes d'asile des réfugiés syriens sans considérer dans quel pays européen ils étaient entrés en premier.
Lundi, un autre centre qui devait accueillir des réfugiés a été incendié dans la ville du sud-ouest de Weissach-im-Tal.
La police est en train d'enquêter pour déterminer s'il s'agit d'un acte criminel
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