Ibrahim Boubacar Keïta, historien de formation, âgé de 73 ans, brigue un second mandat de cinq ans.
Il a obtenu 41,70 % des suffrages au premier tour, contre 17,78 % pour Soumaïla Cissé, un ingénieur âgé de 68 ans.
Dix-huit candidats de l'opposition, dont M. Cissé, ont contesté les résultats du premier tour du 29 juillet. Ils ont saisi la Cour constitutionnelle.
Les résultats sont attendus dans quatre ou cinq jours après la clôture du vote, dimanche soir.
Soumaïla Cissé saisit la justice du Mali
La tension était déjà montée samedi avec l'arrestation de trois membres d'un commando qualifié de "groupe terroriste".
Ils tentaient de planifier "des attaques ciblées à Bamako (la capitale) pendant le weekend", déclarent les autorités maliennes.
Le vainqueur de l'élection présidentielle va entrer en fonction en septembre.
Il aura la lourde tâche de relancer l'accord de paix conclu en 2015 avec l'ex-rébellion à dominante touareg, dont l'application accumule les retards.
L'accord avait été signé après l'intervention de l'armée française qui, en 2013, avait repris le contrôle du nord du Mali, où les djihadistes avaient imposé la charia pendant un an.
Le Mali est confronté à une menace djihadiste, malgré cinq années d'interventions militaires internationales.
Lors du premier tour, 871 bureaux (plus de 3%) étaient restés fermés en raison de violences, empêchant près de 250.000 Maliens de voter, surtout dans le centre et le nord du pays.
Cette fois-ci, quelque 36.000 militaires maliens sont mobilisés, soit 6.000 de plus sur l'effectif déployé au premier tour.
L'armée malienne est soutenue par les casques bleus de la mission de l'ONU et les forces françaises de l'opération Barkhane.
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