Le 16 septembre 2015, lorsque des sous-officiers de l'ex-régiment de sécurité présidentielle arrêtent et séquestrent le président et des membres du gouvernement de la transition, c'est le général Gilbert Diendéré qui est mis à la tête du Conseil national pour la démocratie.
Certains sous-officiers l'accusent d'être le commanditaire du coup d'Etat avorté. En tout cas c'est lui qui aurait expliqué les raisons du coup de force aux officiers du régiment. C'est également le général Gilbert Diendéré qui fut l'intermédiaire entre les sous-officiers auteurs de l'enlèvement des membres du gouvernement et les autres chefs militaires. Selon certains gradés déjà entendus par les juges c'est lui qui donnait les instructions aux soldats de l'ex-régiment de sécurité présidentielle durant le coup d'Etat de septembre 2015.
Présenté comme le « père spirituel » de l'ex-régiment de sécurité présidentielle, c'est à lui que les soldats faisaient appel durant la transition qui a suivi la destitution de Blaise Compaoré, pour désamorcer les crises au sein de cette unité d'élite des forces armées burkinabè.
A l'ouverture du procès, l'un de ses avocats avait déclaré que le général Gilbert Diendéré tenait à s'exprimer afin que le peuple burkinabè sache la vérité.
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